近年、便中の腸内細菌と代謝産物を網羅的に把握することが可能となり、腸内細菌叢と腸内細菌により腸管内でつくられる代謝産物（酢酸など）に、個人差が認められることが明らかとなってきました。また肥満症や2型糖尿病の患者さんの腸内細菌は、乳酸菌が多く、酢酸などの短鎖脂肪酸をつくる細菌が少ないなどの特徴があることも報告されています。さらに食事から腸内細菌がつくる代謝産物が、私たちの体脂肪量や血糖などに影響を与えていることも分かってきたため、体脂肪や血糖の個人差を腸内細菌の違いで説明する試みがなされています。腸内細菌を応用した肥満・糖尿病治療も研究が進んでいます。細菌を用いたプロバイオティクスや便微生物移植術、薬物ではメトホルミンや胆汁酸吸着剤などが腸内細菌を介して、減量や糖尿病治療に寄与していることが臨床で示されています。生活習慣病に対する食事・薬物療法を、腸内細菌を含めて理解することが今後は重要であると考えられます。